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Sortie le 11 décembre 2006 (3 777 classes et interfaces dans plus de 20 paquetages), son nom de code est Mustangcite-ref-46[46]. Une version bêta est sortie le 15 février 2006, une autre bêta en juin 2006, une version « release candidate » en novembre 2006, et la version finale le 12 décembre 2006. Avec cette version, Sun remplace définitivement le nom J2SE par Java SE et supprime le .0 au numéro de versioncite-ref-47[47].

Cette version a été l'objet de nombreuses failles de sécurité et leurs mises à jour correctives, conduisant à la version 1.6.0_45 par Oracle et même 1.6.0_51 pour sa version Mac OS. C'est d'ailleurs là la dernière version de Java fonctionnant pour Mac OS X 10.6 et antérieurs.

Sortie le 7 juillet 2011 (8 000cite-ref-48[48] classes et interfaces), son nom de code est Dolphin. Il s’agit de la première version sous la licence GNU GPL.

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